Le RU est confronté à diverses menaces clandestines ciblant sa sécurité.
Le terrorisme international présente une menace sérieuse et soutenue pour le RU et pour les intérêts britanniques à l'étranger. La menace terroriste la plus importante provient d'Al Qaïda et des réseaux apparentés. Le terrorisme lié à l'Irlande du Nord continue également à présenter une menace. Les groupes terroristes républicains dissidents, qui ont rejeté l'Accord du Vendredi Saint d'avril 1998, aspirent toujours à organiser des attaques en Grande-Bretagne.
La dissémination, ou prolifération, des armes de destruction massive (ADM) constitue un autre danger potentiel pour la sécurité du RU. Les services de sécurité participent à la lutte contre cette menace depuis 1992.
La menace provenant de l'espionnage (sous toutes ses formes) contre le RU n'a pas cessé avec l'effondrement du communisme soviétique au début des années 1990. Plusieurs pays recherchent activement à s'emparer d'informations et de documentation britanniques pour faire progresser leurs propres programmes militaires, technologiques, politiques et économiques.